制药工程分院是以1995年开办的药学专业为基础，于2009年经学院专业调整而组建成立的。多年来，分院全体教师秉承“德技双修，技能立业”的育人理念，致力于培养从事中、西药品及生物制品生产、管理、服务等一线工作的高素质复合型技术技能人才。

2011年药学专业被批准为黑龙江省骨干高职院校重点建设专业，2015年被批准为省级健康服务类示范专业点。2020年3月生物制药技术专业顺利通过IEET工程教育专业认证，标志着制药工程分院人才培养水平正向与国际接轨、培养一流人才的目标迈进。

目前，校内拥有功能配套、设备先进、能实施仿真与实操一体化实践教学的仪器设备总值达800多万元的中央财政支持的现代职业教育实训基地，同时也是黑龙江省高技能人才培训基地。与省内外知名医药企业共建实习就业基地23个，毕业生就业率始终保持在95%以上。拥有一支由19名专任教师和30余名行业企业中高级技术人员组成的专兼结合的教学团队，其中校内专任教师中教授2名，副教授11名；硕士14名，“双师”素质教师15名，省级教学名师2名。2012年教学团队荣获首届黑龙江省普通高等学校教学管理质量奖集体奖及个人奖各1项。多年来，建有省级精品课程1门、院级优质核心课程7门；荣获省级教学成果二等奖2项、省科技厅科技成果奖3项；主持完成省级教学改革课题34项；1部教材获首届黑龙江省教材建设二等奖。